Die Stuart-Dynastie, die sich danach etablierte, ließ großartige Burgen und Paläste in Stirling, Falkland, Linlithgow und Edinburgh errichten. Die berühmteste Stewart war Mary, Queen of Scots (Maria Stuart). Viele Orte werden mit ihr in Verbindung gebracht, da sie Schottland ausgiebig bereiste und dabei in unzähligen Burgen und Abteien übernachtete, von Balvenie Castle im Norden bis zur Whithorn Priory in Galloway im Süden.
Maria Stuarts Sohn, König Jakob VI. von Schottland, wurde nach der Vereinigung der Königreiche im Jahre 1603 auch König Jakob 1. von England. Das 17. Jahrhundert war eine Zeit heftiger religiöser Zwistigkeit, in deren Folge die Stuarts ins Exil verbannt wurden und sich ihre Anhänger, die Jakobiter, zusammenschlossen.
Der Ururenkel von Jakob VI., Prinz Charles Edward Stuart, der im italienischen Exil geboren war, glaubte, der rechtmäßige König Schottlands zu sein. 1745 ging er in Eriskay in den Western Isles an Land und löste damit eine Reihe von Ereignissen aus, die das Gesicht des Hochlands für alle Zeiten verändern sollten. Seine Kampagne fand 1746 auf dem Culloden Moor bei Inverness ihr Ende, als die Regierungstruppen die Jakobiter in der letzten Schlacht auf britischem Boden besiegten. Sie können dieses tragische Schlachtfeld besuchen, mit dem Culloden Visitor Centre steht es in der Obhut des National Trust for Scotland.
