Les monarques de la dynastie des Stuarts, qui occupèrent ensuite le trône, firent construire de grandioses châteaux et palais à Stirling, Falkland, Linlithgow et Edimbourg. Le plus célèbre de ces monarques fut Marie Stuart. De nombreux endroits sont associés à son nom, car elle se déplaça dans toute l'Ecosse, séjournant dans des châteaux et des établissements religieux, de Balvenie Castle, au nord, à Whithorn Priory, dans le Galloway, au sud.
Le fils de Marie Stuart, le roi James VI d'Ecosse, devint James Ier d'Angleterre lors de l'Union des Couronnes, en 1603. Le XVIIe s. fut marqué par des conflits religieux, qui eurent pour résulta l'exil des Stuarts et l'ascension de leurs partisans, les Jacobites.
L'arrière-arrière-petit-fils de James, le prince Charles Edward Stuart, né en exil en Italie, estimait être l'héritier légitime de la couronne. Il débarqua à Eriskay, dans les Hébrides, en 1745, et déclencha une série d'événements qui changèrent la face des Highlands pour toujours. Sa campagne se termina à Culloden Moor, près d'Inverness, en 1746: les forces gouvernementales écrasèrent les Jacobites au cours de la dernière bataille qui ait jamais eu lieu sur le sol britannique. Vous pourrez visiter ce champ de bataille extrêmement poignant au centre d'accueil de Culloden (à présent sous la tutelle du National Trust for Scotland).