Da qui ebbe inizio la dinastia Stuart che costruì grandi castelli e palazzi reali a Stirling, Falkland, Linlithgow ed Edimburgo. Il personaggio più famoso di questa dinastia è Maria Stuarda. Molti luoghi sono associati al suo nome, poiché girò la Scozia fermandosi in castelli o sedi religiose, dal castello di Balvenie a nord, al priorato di Whithorn nel Galloway, a sud.
Il figlio di Maria, Giacomo VI di Scozia, divenne Giacomo I d'Inghilterra nel 1603 con l'Unione delle Corone. Il secolo XVII fu segnato da conflitti religiosi
che portarono all'esilio degli Stuart e alla rivolta dei
giacobiti, loro sostenitori.
Il suo trisnipote, il principe Carlo Edoardo Stuart, nato in Italia durante l'esilio, si riteneva il legittimo erede al trono. Nel 1745 sbarcò a Eriskay nelle Ebridi, scatenando una serie di eventi che cambiarono le Highlands per sempre. La sua campagna ebbe fine nel 1746 nella brughiera Culloden Moor, vicino a Inverness, in cui i giacobiti furono sconfitti in battaglia dalle forze del governo. Questa è anche l'ultima battaglia combattuta da allora sul suolo britannico. Potrete visitare questo toccante campo di battaglia al Culloden Visitor Centre, ora sotto la tutela del National Trust for Scotland.